Нову версію омікрон-штаму буде складніше виявити

0
46

Вчені виявили додаткову версію омікрон-штаму коронавірусу, який несе багато з тих мутацій, що і оригінал. Однак він не має однієї ключової генетичної особливості, повідомляє the guardian . Ця особливість дозволяє стандартним плр-тестам відрізняти нові випадки омікрона від дельта або інших варіантів, тому нову версію омікрона може бути важче виявити.

Фахівці запропонували розділити лінію omicron, відому як b. 1.1.529, на дві частини: ba.1 для версії омікрона, яка була спочатку ідентифікована, і b. 2 для нововідкритої версії. Розподіл було запропоновано та реалізовано протягом останніх кількох днів у cov-lineages-онлайн-системі, яка використовується для документування походження sars-cov – 2 та їх розповсюдження.

«у omicron є дві лінії, ba.1 і ba.2, які досить сильно відрізняються генетично, – сказав the guardian франсуа баллу, директор інституту генетики університетського коледжу лондона. – ці дві лінії можуть поводитися по-різному”.

За повідомленням видання, одна ключова відмінність між двома підмережами може ускладнити відстеження ba.2. Це відбувається тому, що у ba.1 є “делеція” в гені, що кодує його спайковий білок, який вірус використовує для зараження клітин. За даними американського товариства мікробіології, ця делеція, скорочено 69-70del, видаляє шість підстав із загальної послідовності рнк, що, в свою чергу, видаляє два «будівельних блоки» з кінцевого білка-шипа .

Плр-тести сканують кілька генів коронавірусу, в тому числі цей ген білка шипа, але варіанти з 69-70del не будуть давати позитивний результат на шип. Замість цього вони змушують тест плр відображати помилку, яка читається як «збій мішені s-гена». Ця особливість фактично дозволяє легше виявити варіанти з 69-70del, а саме омікрон і альфа, при плр. Після виявлення таких випадків вчені потім проводять повний геномний аналіз зразків, щоб підтвердити, який варіант викликав дану інфекцію.

«виключення s-гена мало вирішальне значення для швидкого огляду в багатьох різних частинах південної африки і, таким чином, для відстеження поширення автентичності ba.1″, – зазначає сара отто, професор еволюційної біології в університеті британської колумбії.

Але ba.2 не несе мутації 69-70del, а це означає, що він не буде відрізнятися від інших варіантів при стандартних тестах плр, і вченим, можливо, доведеться докласти більше зусиль, щоб знайти його.

Хоча існує ряд відмінностей між двома автентифікаціями омікрона, немає безпосередніх підстав вважати, що одна буде поводитися інакше, ніж інша, сказав financial times девід стюарт, професор структурної біології оксфордського університету.